Im Vorfeld der Saison gab es zwischen den ESV Kaufbeuren und dem EHC Memmingen ein regelrechtes Tauziehen um Torhüter Florian Warkus.

Den Versuch des DEB, mit seiner höchsten Klasse (Bundesliga) an der Vormachtstellung der DEL zu rütteln, war ab 2000 gescheitert. Gescheitert am Zuspruch der Anhänger, aber auch am geringen Interesse von TV-Anstalten und Sponsoren. Lange Jahre der Verwirrung für den Fans, lange Jahre der Auseinandersetzung für die Verantwortlichen der DEL und des DEB, nach denen nun alles wieder beim Alten war. Denn es folgte ab der Saison 1999/2000 erneut eine Ligenstruktur. Die DEL hieß künftig wieder 1. Bundesliga, die Bundesliga (DEB) zweite Liga, die 1. Ligen Nord und Süd (DEB) Oberligen und die 2. Liga Süd (DEB) wurde in der kommenden Spielzeit als Regionalliga Süd ihren Dienst aufnehmen.

Damit war nun auch klar, dass der EHC in der vierthöchsten Liga, der Regionalliga Süd in der Saison 1999/2000 an den Start ging. Die Memminger hatten sich für die Runde mit den 18-fachen Nationalspieler Stefan Steinecker und mit Jaroslav Benak, einem hochkarätigen tschechischen Abwehrstrategen vom EC Peiting, sowie mit einem weiteren Tschechen, Vladimir Petrovka vom HC Litvinov, und dem Schweden Dejan Kostic vom IFK Arboga, verstärkt. Vom EC Ulm/Neu-Ulm kam noch der junge Stürmer Achim Briechle. Zu den bewährten Kräften zählte man Routinier Herbert Kuisle, in der Bayernliga mit 89 Punkten Top-Scorer des EHC, Goaly Ralf Weinl, Verteidiger Helge Pyka und Stürmer Günter Hartmann. Gespannt waren die Fans auf das bis dahin größte einheimische 18-jährige Eishockeytalent Martin Löhle. Insgeheim hatten sich die Allgäuer erhofft, sich für einen Platz unter die besten sechs zu qualifizieren, um so an der lukrativen Aufstiegsrunde zur Oberliga Süd teilzunehmen. Als die Felle davon zu schwimmen drohten, wurde mit Peter Lowden ein alter Bekannter und mit Joseph Hayse, ein vom EV Füssen kommender und langjähriger Top-Stürmer vom EC Ulm/Neu-Ulm, nochmals namhaft nachgerüstet. Trotzdem blieb unter dem Strich "nur" der undankbare siebte Platz und damit der Gang in die Qualifikation zur Regionalliga Süd. Der Klassenerhalt war jedoch für "Die Wölfe" freilich kein Problem. Als Tabellenzweiter beendeten die Allgäuer, hinter dem EV Landsberg, als fairste Mannschaft in beiden Runden, die Saison.